根据题目，顾名思义，本次内容其实是围绕口腔领域的五指山小型猪动物模型展开的相关研究，涉及表达谱研究、甲基化研究和非编码RNA的研究。这个系列中包含3篇文章，它们的实验设计都是一样的，不同的是：在相同的样本基础上开展不同层面的研究，这一点还是比较值得借鉴！ 该系类中模板、样本量、分组名称短信均以下：动物模型：五指山小型猪下颌第三乳磨牙胚作为研究对象实验分组：E40、E50、E60三个时期的牙胚，每个时期三个生物学重复 今天呢，主要介绍基于此设计下表达谱的相关研究，全面展示下以猪这样的小物种为动物模型是如何通过高通量检测和数据分析一步步开展mRNA在牙胚发育中作用的研究！ 研究背景：牙齿再生是口腔医学及再生医学的研究热点，基于细胞重组发育学原理是目前比较热的全牙再生方式。小型猪牙齿的大小、形态、数量、发育周期和双牙列替换等方面都与人类高度相似，是研究牙齿发育较为理想的动物模型。五指山小型猪（明星动物模型，中国自主知识产权，消化系统、呼吸系统、心血管系统、泌尿系统、生殖系统、内分泌系统和免疫系统等的解剖和组织学研究都有应用，这是小编百度的）是其中模型之一，这篇文章是筛选五指山小型猪牙齿发育过程阶段的关键mRNA。 论文题目：Stage-specific differential gene expression profiling and functionalnetwork analysis during morphogenesis of diphyodont dentition in miniaturepigs, Sus Scrofa，发表在BMC Genomics (IF=3.5)上。

 样本选择：研究牙齿发育，首先先定位牙齿更新发育过程中的几个阶段进行选材，而且时间点选择要经典，要有典型代表性。本实验采用五指山小型猪下颌第三乳磨牙胚作为研究对象，获取不同孕期的小型猪胚胎，选取胚胎E40、E50、E60（这里的E后面数字是天数），其分别对应帽状期、钟状期和钟状晚期分泌期。下颌第三乳磨牙胚在下颌牙列中发育较早，定位比较准确，发育时比较典型，非常适合做牙齿发育学的研究。 初步探索：E40、E50、E60三个时期的牙胚，每个时期三个生物学重复，提取Total RNA，进行猪的全基因组表达谱芯片（Affymetrix GeneChip®Porcine Genome Arrays，市场上一款猪的表达谱芯片）杂交，解析猪的所有mRNA表达量。不同阶段的牙胚进行差异基因比较筛选，分别E50 vsE40, E60 vs E50,E60 vs E40（差异筛选阈值是P＜0.05,FC＞2），图中分别用韦恩图、柱状图做了不同阶段的差异基因数量统计，E60 vs E50差异比较少，三者间差异基因的交集有110个，并集基因有2035个。  后期筛选：如何进一步定位牙齿发育过程中的关键基因呢？该文做者重点操作了深入研究菌物信息查询学分制析的技术。分开 从什么是人类什么是人类基因组技能、什么是人类什么是人类基因组信号通道、什么是人类什么是人类基因组传达浪潮、什么是人类什么是人类基因组网咯七个基本要素联办着手臂，位置发展进程中的重中之重信号通道和什么是人类什么是人类基因组。1、将并集的2037个染料体，各是做好职能和环路的显著性性生物富集，取前20的职能和环路展示出，肿瘤组织黏附、染料体修饰语、数据信号转导、mRNA粗加工、牙齿护理矿化、上皮肿瘤组织关干的Wnt和BMP职能均在四个坚持。ECM多巴胺受体、蛋白质基础代谢、PPAR环路、TGF-beta、MAPK环路都也在四个坚持，简述了再造齿胸部发育进程中首要职能及环路的变现。  2、对2038个遗传DNA对其进行态势解析，前4个P值超过0.05特殊的态势均是在E40，E50，E60态势定期急剧下降（4, 7, 8, 13），并且当了该4个态势内遗传DNA的工作含有解析，态势内遗传DNA主要体验组织吸咐有关系、牙龈健康胸部发育、组织正负要保持、上皮向间质转换、BMP数据通道、牙龈健康矿化、器宫价值形式造成等，与预估差不多共同，确实了E40，E50，E60再降的遗传DNA是占用制约的反应，进十步调大了遗传DNA的科学研究面积。  3、偏态性手机信号手机信号环路比效多，涉及到什么是dna遗传也多，科学研究领域依旧太大。能够共建手机信号手机信号环路内的数据数据网洛（Pathway-Network）确认管理处的手机信号手机信号手机信号环路。凋亡、MAPK手机信号手机信号环路、肿瘤组织黏附、肿瘤组织期、P53、肿瘤组织骨架属于Degree值TOP前列的，均为较管理处的手机信号手机信号环路。再挑好直接参与管理处手机信号手机信号环路的155个什么是dna遗传进行什么是dna遗传优化转导数据数据网洛的共建，数据数据网洛内管理处什么是dna遗传就是推进素家庭管于的什么是dna遗传，与ECM感觉手机信号手机信号环路关联关系，在槽牙健康成长操作过程中充分调动了十分的大的功用。  4、根本DNA（ABMN、DSPP、BMP2、TGFβ2、MMP25等）做qPCR和免疫检测组检查证，新趋势不一。 

思路汇总：通过思路图再回顾下整个流程，从前期样本收集—表达谱检测—数据分析挑选出关键的通路和基因—后期实验验证。   研究结论：通过对五指山小型猪早期不同阶段牙胚的研究，定位了牙齿发育过程中的关键的通路和基因，更有利于理解大型动物的牙齿发育过程，从而为研究人类牙齿替换机制打下基础。


PS: Affymetrix GeneChip®Porcine Genome Arrays，是一款猪的表达谱芯片，包含23937探针集，23256个转录本，20201个基因，重复性好，是研究猪基因表达的利器！！！当然还有其他小物种也都有。 

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GGBet 有限公司（beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD）是北方乃至全国最大的Affymetrix检测中心之一，公司以数据分析为特色，整合Affymetrix基因芯片、Illumina二代测序、个性化生物信息分析三项核心服务。立足生命科学，为临床与基础研究领域的科学工作者提供分子生物学高端技术服务。