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科研动态

口腔专题|同一模型不同层面发SCI系列(三)

种类:小博公布时段:2020-07-29

根据题目,顾名思义,本次内容其实是围绕口腔领域的五指山小型猪动物模型展开的相关研究,涉及表达谱研究、甲基化研究和非编码RNA的研究。这个系列中包含3篇文章,它们的实验设计都是一样的,不同的是:在相同的样本基础上开展不同层面的研究,这一点还是比较值得借鉴! 该类别中型号、样品组群企业信息均详细:动物模型:五指山小型猪下颌第三乳磨牙胚作为研究对象实验分组:E40、E50、E60分组 ,每个时期三个生物学重复 今天呢,主要介绍基于此设计下非编码RNA的相关研究!

  他了他了,他又了,還是了口这个领域的优秀软文标题,還是五指山大型猪,還是那口腔健康生长发育的六个时候,是不能是亲切的材料配方,亲切的风味?只过这下是LncRNA范畴的探讨。上皮细胞系外栽培基质(ECM)仅仅苹果支持上皮细胞系活动和能维持牙胚全面性,在口腔健康生长发育时候中也起越来越非常重要的效用,在前几天的mRNA和甲基化优秀软文标题中都谈到了ECM肾上腺素受体环路,这篇优秀软文标题围绕着的就LncRNA与ECM的典故。  论文题目:Integrated Analysis of LncRNA-mRNA Coexpression in the Extracellular Matrix of Developing Deciduous Teeth in Miniature Pigs,这篇文章发表在BioMed Research International上。

样本选择:依旧是五指山小型猪下颌第三乳磨牙胚作为研究对象,获取不同孕期的小型猪胚胎,选取胚胎E40、E50、E60三个时期。因为下颌第三乳磨牙胚在下颌牙列中发育较早,定位比较准确,发育时比较典型,对它进行取材。 初步探索:取E40 、E50、 E60每组3个样品进行LncRNA测序(聚类图中E60只有两个样本,推测是样本相关性不好进行了去除),三个阶段两两之间进行差异筛选,筛选差异LncRNA和差异mRNA,阈值FC (fold change)>2,P-value &FDR <0.05. 下图上边是mRNA,下边是LncRNA,分别是E50 vs E40, E60 vsE50差异基因数量的展示,以火山图,韦恩图,聚类图,柱状图列出。  

mRNA图(火山图、韦恩图、热点图)

 

LncRNA图(韦恩图、柱状图、热点图)

  后期筛选:如何进一步定位牙齿发育过程中的关键mRNA和lncRNA呢?1、E50 vs E40, E60 vsE50 区别人类什么是基因强势性径路含有,ECM多巴胺蛋白激酶P值均大于0.05,还有就是自然排名十分靠前。右图对ECM多巴胺蛋白激酶径路内关键所在的人类什么是基因因数干了聚类算法图的分享。

显著性通路富集分析柱状图
 

CM受体通路内关键基因的热点图

  2、分别是搭配E40 vs E50直接参于ECM表现径路的不一致性人类什么是什么是基因遗传和E50 vs E60直接参于ECM表现径路的不一致性人类什么是什么是基因遗传的表现转导互联网。最后挖掘E40 vs E50直接参于ECM表现径路的重点人类什么是什么是基因遗传关键功能性关键集中授课在胞外产品的组织开展,也包括黏附,构建号称关的表现径路;E50 vs E60直接参于ECM表现径路的重点人类什么是什么是基因遗传直接参于胞外产品的脱离,骨胶原质的化解和形式的型态确立。  


 

3、LncRNA-mRNA的共表答手机无线网络,建立与参与者ECM信号信号通路对应的mRNA的LncRNA-mRNA调节管控手机无线网络LOC102165705, LOC102164777, LOC100516145与ECM信号信号通路相关的的DNA(TNR, SV2A, ITGB7, ITGB1, ITGB8, VTN, GP5, GP9, THBS3, ITGA3, ITGA9, GP1BA, LAMA2, LAMA4, LAMC3, and CHAD)。

  思路汇总:通过思路图再回顾下整个流程,从前期样本收集—lncRNA+mRNA检测—数据分析挑选出关键通路ECM—全局信号转导网络筛选出ECM通路相关的关键mRNA——共表达网络筛选出ECM通路相关的关键lncRNA。 

  研究结论:

LncRNA在牙齿发育过程中,在ECM途径中发挥了非常的作用。LncRNA通过调节一些关键性的基因和ECM的关键组分可以阶段性改变ECM过程,不同阶段LncRNA表达量也不一样。阶段性的ECM重塑为以后仿生支架在牙齿组织工程运用提供了基础。可惜了这篇文章没有做验证,不然影响因子肯定更好。


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