同学们好,今晚立即和同学们手机分享耳鼻关键科工作方面的高通骁龙量优秀小文章,今晚获得的就是一篇 mRNA+lncRNA 整合调查应用案例。优秀小文章小编还是是省会城市医学院校本科复属青岛同仁医院医生的房居高政治老师结题组。
文章题目:Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis
文章亮点:LncRNA-mRNA 二合一芯片(Affymetrix 品牌)、珍贵的病人样本、Co-expression 共表达调控网络、作者构建的独有 mRNA 信号通路
文章思路:
1. 头劲部鳞状受损人体细胞膜癌是全球排名六大通常见的梭形人体细胞膜癌症癌症,而于含有本身约占很多头颈鳞状受损人体细胞膜癌的 3–6% 的,相对比较珍貴的癌症,即「鼻窦鳞状受损人体细胞膜癌(SSCC)」。我们用 1 年零 7 六个月的时候,采集而来了 6 对珍貴的患者样本量,展开了 mRNA+lncRNA 二一体IC芯片(Affymetrix)加测。
2. 重中之重得了,Co-expression 共传达调空系统信息!这一个系统信息的作用有赖于,灵活运用 mRNA-lncRNA 测评值,运算共传达皮尔森比率,判断出 lncRNA 调空的基因遗传,最后判断出 lncRNA 的具体职能。是本篇小文章合力 mRNA 和 lncRNA 的重中之重具体分析工具软件。
3. 对 mRNA 地方,开始了常规性的染色体的功能(GO 资料库)和电磁波信号通路(KEGG 资料库)的丰度深入分析。
4. 在去步中的预警环路讲解中,之间的关系染色体落到好多环路中,原于想要尝试同一个大的预警环路,涉及该项检测拥有的之间的关系染色体,著者融合了独到的 mRNA 预警环路,合用越大的方框,将重点是染色体通过凸起。
5. 对综上所述了解系统中筛选的目标基因遗传,实行了 qPCR 核实。
6. 汇报,原作者借助对比深入了解 mRNA 丰度深入了解,遇在了那些与肺部肺部肿瘤有关联的根本dna MAPK12, RAPGEF3, KIT ,时候也遇在了那些肺部肺部肿瘤有关联的根本通道 microRNAs in cancer, P53 signaling pathway, PI3K-Akt signaling pathway 等。后面借助共表达方式深入了解网络数据,遇在了控制这个dna和通道的根本 lncRNA:NONHSAT125629。
PS: 文章中涉及的基因芯片检测和数据分析由本公司完成
原文:Ling-zhao Meng, et al. Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis. PMID: 28044124.
GGBet 有限公司(beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD)是北方乃至全国最大的 Affymetrix 检测中心之一,公司以数据分析为特色,整合 Affymetrix 基因芯片、Illumina 二代测序、个性化生物信息分析三项核心服务。立足生命科学,为临床与基础研究领域的科学工作者提供分子生物学高端技术服务。