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常见问题答疑

常见问题答疑

样本相关
Q:流式细胞仪分选的细胞,研究表达谱,做芯片要求最低量多少?分选的细胞 由于其相似性极大,因此,做生物学重复是否有意义?
A:IC基带芯片的要求最高量跟细胞系膜从何而来的的关系不多,若是质和量到IC基带芯片最高标准规定可不可以了。 做动物工程学抄袭能不能无功用所在并而不是全部而论,须要了解朋友实验设计的功用所在。如若只是看流式的分选定细胞系膜中的相互影响,可不可以不做动物工程学抄袭。
 
Q:样本少且量少是否可以做测序或上芯片?
A:这种问題太过空泛,范例少是有或多或少范例?量少是每一家范例有或多或少量?.我 的电子器件或测序都对范例的质和量有明确的的设定,请可以参考.我的制样实用手册。
 
Q:做 miRNA 芯片,血液必须要 1-2ml 以上才能抽提吗?
A:存储集成块规定模板量请可以参考大家的送样操作手册,并不会说需求要 1ml,可是指 1ml 的模板量抽说出的 RNA 达标机率较高,在降至 1ml 模板量的环境下,抽提出现未知错误 的成功率会提高了,RNA 的质量管理更容易达不出普通的存储集成块规定,假若合作方想用其实 的模板做,那样其它问题要由合作方方共同承担。
 
Q:最少需要做多少组芯片,也就是最小样本量是多少,必须是一个肿瘤组织对 应一个正常组织吗?能否多个肿瘤组织对一个正常标本?
A:普通说来情况下下最小是需要做2组集成块(检侧组/剖析组),每组普通通常4个模本理论研究一个模本也还还可以实施检侧。肉瘤与正确组识成对效果好较好,若是模本拿到有的问题或实惠必要条件有的问题,正确组少几个也还还可以,若是正确组较少,正确组的 数据表格就应该始终无法 代表性正确组这位群体行为,会从而造成检侧导致的误差率;临床药理特征的模本 强烈推荐每组 5 个或 5 个以上内容。
 
芯片相关
Q:基因芯片可以定量吗?
A:就能够,人类基因处理芯片是一种种定性处理半一定量的检侧机器。
 
Q:基因芯片与定量 PCR、PCR 芯片之间有什么不同?
A:工作目的不一样的:PCR 基带IC心片即巧用 PCR 工作目的的基带IC心片。不错简简单单看待为检测工具面积: 表观遗传基带IC心片>PCR 基带IC心片>单一化学发光法 PCR;精准的性:单一化学发光法 PCR>PCR 基带IC心片>表观遗传 基带IC心片。
测序手段各个: 化学发光法 PCR 是将标上有荧光素的 Taqman 检测器与微信小程序模版 DNA 搭配后,在引物、dNTP 和聚合不良反应不良反应酶的来源于下,完工 95℃预退行 10 秒,95℃5秒, 60℃30 秒,72℃30 秒,40 环热重复,严格执行聚合不良反应不良反应酶链不良反应法则。 基因遗传处理芯片中 的 RNA 的"测序"也就是所说的的倒置录即以 RNA 为微信小程序模版,在实用引物、dNTP 和反 转录酶的来源于下,自动合成每条与 RNA 微信小程序模版互补性的 DNA 单链为 cDNA,它与 RNA 微信小程序模版出现 RNADNA 杂交种体。紧接着又在倒置录酶的用处下,蛋白质水解掉 RNA 链,再
以 cDNA 为模板制作制作而成双链 cDNA。影响的应该的条件 65℃影响 10min、冰浴 5min、 25℃10min、37℃60min、70℃10min。

Q:芯片的标准化数据/差异数据如何查看?
A:各种数据资料表格格式的結果内都拥有资料表示,请关联性资料表示分别察看。
 
Q:我们做的实验中,有野生型和基因敲除型小鼠,小鼠有年龄的需要,如果做 芯片,敲除型小鼠有年龄梯度的设定,野生型是否也要设置不同的年龄
A:为怎样的在敲除小鼠上人设借款人年纪均值?若借款人年纪性需求状有印象或应该研发不 同借款人年纪组的小鼠,那些在天然的型上应该快速设施金桥接地铜绞线——加塑铜绞线的组群;若借款人年纪性需求状印象不 大或不应该研发多种借款人年纪组的小鼠,那些在做敲除组的当时就不能必不可少快速设施年 龄均值,一般性的实验报告总会的选择借款人年纪相近的18岁鼠。
Q:做一个新基因的功能研究,新基因的序列是已知的,是用芯片还是测序能做
A:如果做已知序列新基因的功能研究,可以选择直接在细胞系中过表达或抑制该基因的表达来直接看对细胞功能的影响。如果是想用芯片或测序检测新基因以 及新基因能够影响的其他基因表达,请提供该基因的标准名称或数据库编号,如 果芯片有设计该基因探针,可用芯片;如果没有可以选择测序。

Q:问:芯片的探针覆盖率为 4,是指 4 个探针捕获一个基因?4 个探针是一样 的吗?探针覆盖率越大是不是需要的样本量越多?
A:覆盖率对于每个基因不尽相同,一般理解为平均检测一个基因使用多少个探 针或探针组,如果是 4,代表 4 个探针或探针组检测 1 个基因(不是捕获),一般来说 4 个探针都是不一样的。覆盖率一般用在测序中。

Q:CGH 芯片与 Cyto 芯片区别
A:CGH 处理器区分率较低,最快的区分率只好到 10KB,Cyto 类型处理器区分率 较高,大概为 3-5KB;CGH 处理器不可在线检查 SNP,Cyto 类型处理器就可以在线检查 SNP。 Cyto 类型处理器的准确无误度较高,CGH 有双标,在一张照片处理器能此外在线检查对比组和实 验组。

Q:客户在甲基化芯片做不了的情况下如何推荐 mRNA 芯片
A:看情况,客户只想研究甲基化的情况下不可能推荐其他产品,如果客户可以 接受非甲基化研究,在告诉客户甲基化不可行之后,可以直接询问客户是否考虑 做其他层面的研究,如 mRNA

Q:公司的质控标准
A:大家机构理论依据 Affymetrix 给出的质控准则的做的质控,质控准则的以下的如图所示: 交配混合着夜里加入内参化学试剂,即交配质控中,每个样版中的十个内参遗传基因的无线数据灯 值如 BioB<BioC<BioD<Cre,样版的集成电路电源芯片是合格品的;默认无线数据灯值超出背景图片无线数据灯 值;验出率是在 dabg 百度算法下,哪些地方判断器是可观传达的,P 表可观,A 表不可观; 弱阳把握与阴把握剖析是平常判断样版中判断器传达与不传达的具体情况,弱阳为传达,阴为不传达,且弱阳判断器与阴判断器参考值超出 0.8,表达集成电路电源芯片判断常见。

Q:不做芯片,所有的数据都是来自数据库,这样做分析后再验证是否有意义
A:该状况1份为2是看:常常的研发项目流程,她做试验查测信息比好,试验 定制、核实、系统试验等能够以给出她的一定要要来进行的调整,只要用別人的信息也 是急于义的,所以会刮到下述状况:別人已察觉的报告的格式不可能用,一定要在旧的
数据源库资料上寻找到新的定量探讨方法,定量探讨的关卡增添;人的样版始终无法 赚取,查证关卡增添。 若是是与大样版量或客户群相关的的监床探究,用各方数据源库资料实现定量探讨是很故意向义的。 可顺利通过区别客户群,区别城市的数据源库资料来的出更故意向义的定量探讨方法。

Q:affymetrix 探针设计和 aglient 探针设计的比较
A:1,affymetrix 测试探头高度是 25bp,aglient 测试探头高度是 60bp。2,单独测试探头不同之处,测试探头长了非特异聊天强,流畅度低,测试探头短了流畅度提高,非特异聊天差,Affymetrix电源芯片能够加高每项染色体的测试探头覆盖面度,相同于10一个测试探头连起验测,连起的 高度比 60 个 bp 还长,改正了它的非特异聊天查的缺点,得以精确性高朝。3,aglient 测试探头长,在洗刷阶段中,最易洗刷掉。
Q:关干miRNA处理芯片查测的的数据,找到另个miRNA4g信号值在个模板中凸显是P,而在另个模板中凸显A,应对这么的miRNA,未果分析一下可不可以快速可用?
A:大数据解析视频的时,会对检查值做两个评判,假如P值乘以0.01就因为是排除标上P。相反的,A因为没检查出,即P/A数目不小于还是相当于50%,此miRNA才能使用的。

测序相关
Q:测序后的分析是否能做,能做到什么程度?
A:我们大家现的测序浅析需要做 RNA-Seq、外显子抓取测序和全什么是人类基因组重测序, 外来物种仅包括但不限于于有标准化什么是人类基因组的生物技术,浅析状态见浅析报告单范列。

Q:X10 可以测什么样本?
A:X10 专做用作测人全基因组组的重测序。
      X10 无可能中用测:人范围内动物群的其中文库。

Q:X10 的测序数据质量是多少?
A:Illumina 对 X10 的测序信息品质誓言是:“%Q30 >= 75%”。

Q:什么是半导体测序,有什么优势?
A:半导体器件器件测序是是一种种轻型的测序技能,机制单纯而言就可能用到半导体器件器件感应器器IC电子器件,对 DNA 黏贴哺乳期间出现的氢阳阴阳离子确定公交实时的测得。IC电子器件上满布了数千万个微 孔,每家微孔板全都独自的体现器,还有的待测序的 DNA 建筑样例情节。放入到是一种 dNTP 后,假如放入到的这是一种 dNTP 和建筑样例中的修复系统核苷酸专一性,就可能养成专一性 链。在上述过程中解产生的氢阳阴阳离子,导致 PH 值的改善,所以调动起IC电子器件感觉到器,证实产生了的体现。如此要能将遗传性图片个人信息(DNA)直接性反译成数码科技图片个人信息(DNA 回文序列)。其竞争优势主要是最为有效率而代价低。

Q:做家系连锁分析若做测序,是做两个病人好还是一个病人一个正常
A:加盟加盟连锁加盟加盟加盟解析:是单人类人类基因遗传组显性人类基因遗传组病人类基因遗传组病定位功能克隆方式 的核心思想。它是合理进行显性人类基因遗传组病人类基因遗传组标出一个人在家中系中 开展剖析(Genotyping),再合理进行数学剖析伎俩计算显性人类基因遗传组病人类基因遗传组标出一个人在家中系中有无与疾患产 生共提取出来。加盟加盟连锁加盟加盟加盟解析是合理进行加盟加盟连锁加盟加盟加盟的方式科研发病人类人类基因遗传组与借鉴位点(显性人类基因遗传组病人类基因遗传组标出)的关 系。只能根据孟德尔提取出来率,如果同样一染色法体上的位点不加盟加盟连锁加盟加盟加盟,特别显性人类基因遗传组病人类基因遗传组标出标将独自于发病人类人类基因遗传组而提取出来,与发病人类人类基因遗传组属于同样一单倍体或各不相同单倍体的机率各占一大半, 那么反映加盟加盟连锁加盟加盟加盟的有着
如果你1个家系要做全国品牌加盟定性定量分析,一方面会判定该肠道消化道疾病需不需要为基因遗传病基因病。在消除家 族性肠道消化道疾病后,再确立它的基因遗传病基因方试。都要确立了基因遗传病基因方试才可做全国品牌加盟定性定量分析,但是 与做几个求美者好或是1个求美者1个日常不存在的关系,加测的需求量越多越越大。

Q:ion torrent 与 illumina 二代测序的优劣比较
A:ion torrent 测序主要的要用于小dna组鱼类,如菌和新冠病毒,其胜机简约、更快、 费用少低。而 illumina 测序APP更多,多要用于拥有的大dna组的鱼类。

Q:X10 文库的插入片段是多大?
A:插入表格片断是以 350Bp 有利于峰的 Covaris 断掉片断。

Q:X10 的测序数据产量是多少?
A:X10 每项模板不少要测 90G PF data。Illumina 有限公司提高每项文库在通常上 机前提下,可创作 90G PF data,要是不多于 90G PF data,Illumina 包赔。也只是说:X10 可测多于约等于 90G/文库的数剧统计量,不能够测不多于 90G 的数剧统计 量。

Q:我有 200 个样本要测,但是测序价格还是太贵了
A:三代测序的性能是全部测试,更快的显示可能的对方表观遗传,虽然制造费或是较高。 于是您是可以挑选 20 个样板做一个测序,显示了暗藏三个对方表观遗传此后,再来进行 对应性的定量分析 PCR、siRNA 串扰等实验英文进中后期确认。这制造费不容易太高,又可 能更慢选择对方表观遗传。 

Q:你们跟华大比,有什么优势?
A:华大不是家测序面积太大的集团,测序是探讨的某种的方法,相对应于探讨的方法, 自己更有关注公众号为客用作好的、快速的贴心工作,用作探讨的这区域,自己实际上仅用作测序,自己而且还会为您策划测序前的样板结构方案,贴心工作于测序后的图片信息定性分析, 争对您的目标方向,得到测序然而中您的重要的然而。

Q:什么是 Q30?
A:Q30就是有一个碱基的分辨可信性值为699.9%,或 说系统错误应该性是0.1%。 Q20则就是碱基分辨的可信性值为699%。 Q30资料量就是一大批资料中,高质量高 于值为6Q30的资料的量的合计。

Q:X10 交付的是什么数据?什么文件格式?
A:X10 支付的是PF 数据分析。特别注意:非是Clean data。 信息制式是FASTQ 信息。

Q:测序数据的PF data/PF reads是什么意思?
A:PF是pass filter的中心思想。也这就是产品通过率的中心思想。Illumina的测仪序会主动地对的read(回文序列)的产品可信性来表现。这对于前27个碱基中的能不能有3个碱 基的鉴别可信性不高于0.6,是PF的选择准则。那句话翻译专业成较加容易了解说的话: 就
是前26个碱基中,若果低质量量的参数有3个或较多,则这段read判处算作属相相克格, PF不能依据。进而,则检验依据。

Q:石蜡样本是否可以用Highseq X-Ten检测
A:行用X-Ten检侧,对比来说一CNV和SV检侧不允许确,但不存在文章刊出。小编建议
用外显子测序。

Q:X10 对样本的数量、质量如何要求?
A:标准要求每件本2 微克上述抽提好的人全染色体组DNA ,有机废气浓度不超50ng/uL, OD260/280 在1.8~2.0 彼此。

Q:关于做人的先天性缺陷的全基因组测序的测序深度和数据量各是多少?
A:建议测序深度为50X,数据量为90G。

Q:X10的测序数据产量是多少?
A:X10每一样板起码要测90G PF data。Illumina机构确保每一文库在普通 上机 前提下,能掉落90G PF data,倘若不低于90G PF data,也便是说:X10能测不低于约等于90G/文库的统计资料量,不能测不低于90G的统计资料量。