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基因芯片平台

基因芯片平台

      Affymetrix GeneChip生物芯片检测系统,是由高密度GeneChip芯片和试剂,杂交、扫描仪器,数据处理和分析工具组成的一整套检测平台,是世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的可用作体外诊断的芯片系统。         Affymetrix GeneChip集成电路基带基带处理芯片整体的的硬件设备的平台由高强度自然式化的液体做工作管理整体、高通骁龙量集成电路基带基带处理芯片扫描拍摄仪,和相关的测试探针字段分析和参考文献标注动态比对数据库库等分解成。高强度自然式化的补救降低手工diy工作时间段,上升了动态数据库重复适用性。针对适用有所差异类别的集成电路基带基带处理芯片,Affymetrix GeneChip集成电路基带基带处理芯片整体的该用于RNA和DNA检查测量的各种面的app探索。  
       Affymetrix电子器件用到原位光刻技能应用和严苛的步奏的控制获得高溶解度DNA电子器件,能够在每每平方米多厘米基片上获得不超400万的电极。Affymetrix原位光刻获得技能应用的基本原理:先将基片兼容物(wafer)羟基化,合用对光强烈的保证性基团将羟基基团保证性一起。然后呢添加特别制作的的光刻掩膜(photolithographic mask)盖住在基片上,遮住不须得获得的布位,曝露需获得布位。当光按照蔽光膜照射到到基片上,须得获得电极的布位透光,受太阳光照晒射到布位的羟基脱保证性而活性。填加3’端活性(5’羟基末梢链接光敏保证性基团)的分散化一种生活核苷酸缩聚不良现象底物后,发生偶联不良现象。在新一轮不良现象最后根换另个说的是张光掩膜的控制活性地方,并换另个说的是种生活核苷酸缩聚不良现象体现在暂定位点获得规定字段寡聚体。光掩膜设汁和严苛的标准流程步奏使产生的电子器件拥有优质化量、高重叠性和不对性,也加强组织领导了电子器件上电极获得的不高溶解度。  
                             
 

基因芯片类型(科研常用)

    RNA层面: 
                      mRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array
                                                   Affymetrix Clariom S array
                                                   Affymetrix Primeview array
                      miRNA芯片 ——Affymetrix miRNA 4.0 array(全物种)
                      lncRNA芯片 ——Affymetrix  Clariom D array
                      circRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array

    DNA层面:
                     SNP/CNV芯片——Affymetrix CytoScan HD array
                                                 Affymetrx CytoScan 750K array
                     甲基化芯片——— Illumina 850K

基因表达芯片分类

        3’IVT芯片只能检测转录本3’端的外显子,而WT芯片可以检测转录本中所有的外显子,可以准确反映基因的表达水平,可以分析可变剪接的发生。目前最新版的全转录组基因表达芯片是Clariom D 系列——一款神级表达谱芯片,它有三项技术革新:

        1. 全面检测——发现编码基因、lncRNA、环状RNA、外显子、microRNA(前体)以及可变剪切信息。
        2. 快速检测——轻松快速发现鉴定重要注释明确的基因与信号通路,实验周期缩短至1周。
        3. 大范围检测——可对血液、石蜡组织等降解样本,以及低至100pgRNA的微量样品进行转录组分析,充分挖掘样本信息。